Ярослав Мочалов имеет более чем двадцатилетний тренерский стаж. С 2002-го по 2015-й годы он работал с детскими, юношескими и молодёжными командами Саранска. С 2015-го по 2020-й год трудился наставником молодёжной команды и ассистентом главного тренера футбольного клуба «Мордовия». В 2021 году стал главным тренером ФК «Саранск», вместе с которым занял седьмое место в Первенстве ФНЛ-2. Являлся главный тренером ФК "Динамо-Брянск". Входил в тренерский штаб ФК "Чайка". В июне 2024 года стал главный тренером университетской команды ФК "ХДМ"